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本系配合多元之環境專業訓練發展，除公共教學專業教學教室之外，另依教師專長，規劃實務專題教學教室。依循本系中長程發展計畫，進行教學資本門預算編列採購教學設備。教師積極爭取科技部、公民營機構建教合作計畫案購置各項儀器設備，支援實務專題製作教學指導，營造學以致用的環境。
資源化研究實驗室
Resource Recovery and Recycling Research Laboratory 整合區域之循環資源，運用新穎物理化學技術開具市場價值之功能性材料，建構專業實務特色研究團隊，並透過教學研究培育具就業力技術人才，創造雙贏。
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環境監測暨系統分析實驗室
Environmental Monitoring and System Analysis Laboratory 提供空氣污染物(採樣分析)、風險評估(危害鑑定及風險管理)、廢水處理(廢水回收氯化銨/濾料吸附氧化)、資源再利用(氧化鐵合成/化學污泥再利用)之研究。
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環工機電整合實習工場
Mechatronics Practical Training Center 本校首創「環工機電整合實習工場」於106年3月3日啟用，有效整合環保、機電、職安三合一特色學程，實現學用合一目標。
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環境教育教室
EE Training Room 主要為本系專業課程教學、會議召開、成果發表會、碩士班學位考試及系友活動等用途，另為「行政院環境保署環境教育人員」及「勞工安全衛生教育訓練」教室。
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智慧環控實作教室
Intelligent Environmental Control Practice Classroom 民國108年1月3日獲勞動部認證通過作為乙級下水道設施操作維護-機電設備技術士術科試場。教室結合智慧電網、空氣品質自動交換氣體等，全部可由手機得知資訊。
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環境監測與控制研究室
Environmental Monitoring and Control Laboratory 本研究室以軟硬體平台與物聯網裝置技術，結合環境感測器進行化學實驗的現場監測，透過資料儲存裝置定期進行環境數據的紀錄，長期蒐集環境數據進行大數據分析。
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節能環控中心
Center for Smart Control of Environment 提供諮詢診斷與國際規範輔導等服務，協助中小企業節能環保並降低成本，提升中小企業的綠色永續因應能力及開創新商機，提供全面之諮詢診斷服務與改善建議。
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專業實驗室
Specialized Laboratory 本教室為實驗課程教學、新生活動、儀器教育訓練及實務專題製作用途。專業實驗課程教學訓練學生熟悉採樣分析程序，規劃完善處置設施，培訓學生發展職場所需專業能力。
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土壤地下水實驗室
Soil and Groundwater Research Laboratory 本研究室以「土壤與地下水污染整治」為研究主題，結合本校建置之地下水井場，帶領學生實地操作地下水位量測及採樣，學習土壤與地下水污染防(整)治。
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環境生物研究室
Environment Microbiology Laboratory 本研究室探討生物與水環境之間的關係，主要的研究重點為水環境中的微生物生態、生物污染以及生物技術於環境污染控制與淨水工程上的應用。
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高空氣球探測實驗室
Air Balloon Sounding Laboratory 本研究室應用氣球載具進行高空氣象與空氣品質監測，例如使用探空氣球、繫留氣球與探空飛船，進行臭氧層、高空煙流、海陸風、山谷風、混合層、臭氧夜間儲留層等研究。
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環境變遷與地理資訊系統研究室
Environmental changes and GIS Laboratory 本研究室研究主題分為：1、環境變遷歷程探索(突變氣候成因與影響、人類經濟活動造成的環境污染)2、環境空間資訊(整合GIS、GPS、RS等技術建置分析應用資訊)。
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空氣品質監測儀發展室
Development Lab of Air Pollutant Monitors 本實驗室利用Arduino 發展各種高精準度、低成本與可攜帶性之空氣品質監測儀，例如臭氧探空儀(O3sonde)、二氧化氮探空儀(NO2sonde)、氣象監測儀、電子鼻(E-Nose)等，並結合無線傳輸與手機APP進行行動監測即時整合。
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環工機電整合教室
B-level Sewer Electrical-mechanical Equipment Professional Examination and Integrated Room 透過環境工程機電整合、基本控制電路邏輯、實作電工實習、與工業配線實作等課程，增加學生課程實作與體驗，並強化下水道證照技術課程，完善教學情境。
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精密儀器分析與維修人才培育中心
Advanced Instrument Laboratory and Repairs Training Center 精密儀器分析與維修人才培育中心於109年4月23日揭牌啟用，整合環境與生命學院四系領域之精密檢測儀器。環工系主要負責C202環境檢測實驗室。
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單元操作室
Unit Operation Laboratory 本場所除基礎課程教學並於民國103年4月30日獲勞動部認證通過設置「下水道設施操作維護水質檢驗乙級術科檢定考場」，輔導學生及南部地區應檢人就地考取證照。
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